想夜间室内自然灯下拍人像如在咖啡馆或图书馆选择尼康50mm1.8D还是1.4G好呢

从理论上来说，你的需求肯定是光圈越大越好，
即50/1.4比50/1.8好。
但你所提到的两支镜头价差可不小，
尼康 AF 50mm f/1.8D 大约650元；
尼康 AF-S 50mm f/1.4G 大约3100元。
差了5倍啊。
有条件当时是尼康AF-S 50mm f/1.4G。
尼康AF 50mm f/1.4D也可以考虑，1900元。

从售价上也能大至推断出成像质量的差别来，
但所有的摄影器材都是这样，一分钱一分货，两毛钱，两分货。
即，好的倍数与钱的倍数不同步，非线性关系。

至于你说的曝光组合，这个实在没法说，因为每家咖啡馆和图书馆的照明情况不一样。
建议你的ISO可以适当调高，近年出的单反一般提到ISO400或者ISO800是没有什么问题的。
能用架子最好，不允许用架子的话，就看你的铁手功了。
所谓安全快门也是一个相对参考，每个人的情况不一样。

从你还要收两档光圈和坚持最佳感光度来看，
你非常重视画质。
同步地，那就一定要上三脚架。
安全快门严格来说并不安全。
如果上了架子，光圈差别半档的意义也就不是很大了。

这是个综考虑的事，对你具体的情况了解的太少，也就只能说这些了。